En el Verano 99, Toluca logró un invicto que duró por 12 jornadas, mismo que perdieron ante la maquina de Cruz Azul, al termino del torneo se ubicaron nuevamente como líderes generales contabilizando un total de 39 puntos, cincuenta goles y solo dos derrotas. Una vez clasificados derrotaron en Cuartos de Final a Necaxa con marcador global de 4-3 y clasificaron a la final derrotando a Santos Laguna por marcador global de 3-2.

La gran final se disputó frente al Atlas de Guadalajara y en la final de ida en el Estadio Jalisco, Toluca se puso al frente con la anotación de Carlos María Morales al minuto 2 y de José Saturnino Cardozo al minuto 8; el Atlas descontó el marcador al minuto 20 por conducto de Cesar Andrade pero al minuto 27 Carlos Morales anotaría el tercero para Toluca. La reacción del Atlas llegaría en segundo tiempo empatando el marcador con las anotaciones de Hugo Castillo al 54 y Rafael Márquez al 69.

El partido de vuelta comenzó con el dominio atlista, los de Guadalajara se fueron al frente a los 48 segundos de iniciado el juego; sin embargo la parcial victoria solo duraría hasta el minuto 2 cuando el paraguayo José Saturnino Cardozo le dio el empate a Toluca. Los diablos rojos remontaron el marcador al minuto 26 con la anotación de Alberto Macías y; el empate definitivo en tiempo regular sería por conducto de Rafael Márquez al 69 colocando el 2-2 definitivo y un 5-5 global.

El torneo se alargó a los tiempos extra y posteriormente a los penales, ambos equipos realizaron tiros acertados hasta la tercera ronda cuando Erubey Cabuto detuvo el disparo de Fabián Estay para darle la ventaja a los rojinegros. El empate se dio en esa misma ronda cuando Daniel Osorno mandó la pelota al travesaño fallando el disparo; los equipos continuaron sus tiros hasta la muerte subita; en la cuál Hernán Cristante lograría atajar el tiro de Julio Estrada para darle el campeonato a Toluca.

 

Quinto titulo del Club Deportivo Toluca.